С первых дней Великой Отечественной войны учреждения здравоохранения жили по военному времени: под госпитали переоборудуются здания школ и учреждений. Всего за годы Великой Отечественной войны на территории Курганской области работали 17 госпиталей, 5 - в Кургане. Госпитали размещались в зданиях без канализации, в некоторых не было водопровода и электротока.
Здравоохранение Курганской области в годы войны по-прежнему находилось не на должном уровне. В 1943 году общих специальных больниц в городе Кургане было 7, роддомов - 3, тубдиспансеров - 2. В сельских местностях 52 больницы. Областных лечебных учреждений еще не было. Как не было скорой и специализированной медицинской помощи и других необходимых лечебных учреждений. Все имеющиеся учреждения требовали капитального ремонта, отопление было печное, освещение - керосин. В области работало около 500 врачей и 2.000 средних медработников. В сельских районах, в которых проживало более 600 тысяч человек, работало всего 240 врачей. Практически не было врачей узких специальностей.
В период Великой Отечественной войны начинают организовываться курорты и санатории для реабилитации раненых. На их базе отрываются эвакогоспитали, которые после расформирования переходят на обслуживание населения области. В 1945 году начинает работу Юргамышский детский санаторий, Комсомольская здравница в селе Чашинском, курорт "Озеро Горькое" в Щучье, курорт "Озеро "Медвежье", который обслуживал четыре области - Пермскую. Омскую, Новосибирскую, Курганскую. Продолжает принимать пациентов и курорт "Озеро Горькое" в Зверинке, открытый еще в годы гражданской войны. Медицинские кадры для области готовят Курганская фельдшерско-акушерская школа Шадринская школа медсестер.